Fonctionnaires : vos indemnités sont-elles maintenues en arrêt maladie ?

Indemnités en cas d'arrêt maladie

Lorsqu’un fonctionnaire territorial se retrouve en arrêt maladie, une question importante se pose : ses indemnités sont-elles maintenues ? La réponse varie selon le type de congé et les règles encadrant le régime indemnitaire. Un récent arrêt du Conseil d’État du 4 juillet 2024 (n° 462452) a clarifié certaines zones d’ombre, notamment en ce qui concerne les congés maladie ordinaires et les accidents de service. Voici ce qu’il faut savoir pour comprendre vos droits en tant qu’agent de la fonction publique territoriale.

Quels types de congés maladie existent pour les fonctionnaires ?

Dans la fonction publique territoriale, un agent peut être placé en différentes catégories de congés maladie :

  • Congé de maladie ordinaire (CMO) : jusqu’à un an avec maintien partiel ou total du traitement selon la durée.
  • Congé de longue maladie (CLM) ou congé de longue durée (CLD) : pour des pathologies graves, avec des modalités spécifiques de maintien de traitement.
  • Congé pour accident de service ou maladie imputable au service : lorsque la cause de l’arrêt est liée à l’activité professionnelle.

Le type de congé est déterminant pour savoir si les indemnités sont maintenues.

Quelles indemnités sont concernées ?

Les fonctionnaires peuvent percevoir diverses primes et indemnités en plus de leur traitement de base. Ces indemnités, appelées régime indemnitaire, sont fixées par les assemblées délibérantes des collectivités territoriales, dans les limites de celles attribuées aux fonctionnaires de l’État pour des fonctions similaires (décret n° 91-875 du 6 septembre 1991)​.

Certaines indemnités sont directement liées à l’exercice des fonctions (prime de service, indemnité spécifique de service, etc.), ce qui pose la question de leur maintien en cas d’arrêt maladie.

Le maintien des indemnités en congé de maladie ordinaire : l’évolution de la jurisprudence

Jusqu’à récemment, la jurisprudence tendait à refuser le maintien des indemnités liées à l’exercice des fonctions pendant un congé de maladie ordinaire. Cependant, l’arrêt du Conseil d’État n° 462452 du 4 juillet 2024 a modifié cette interprétation. Cet arrêt a jugé que les fonctionnaires placés en congé de maladie ordinaire ou en congé pour accident de service ou maladie imputable au service peuvent conserver leurs indemnités​.

Ainsi, si vous êtes en congé de maladie ordinaire, il est possible de maintenir vos primes et indemnités, sous réserve que votre collectivité territoriale l’ait prévu dans ses délibérations. En effet, c’est à l’assemblée délibérante de décider des modalités de maintien de ces régimes indemnitaires pendant les congés​.

Qu’en est-il des congés pour longue maladie ou longue durée ?

Les fonctionnaires placés en congé de longue maladie (CLM) ou en congé de longue durée (CLD) n’ont pas droit au maintien de leurs indemnités, sauf si ces congés résultent d’un accident ou d’une maladie imputable au service. Dans ce cas précis, les indemnités peuvent être maintenues​​.

Un principe d’égalité respecté

L’arrêt du Conseil d’État insiste également sur le principe d’égalité : les fonctionnaires placés en congé de maladie ordinaire et ceux en congé pour accident de service ne peuvent pas être traités différemment au regard des régimes indemnitaires. Autrement dit, les agents territoriaux doivent bénéficier des mêmes droits que leurs homologues de l’État pour des situations similaires​.

Ce que vous devez vérifier

  • Regardez les délibérations de votre collectivité : C’est l’assemblée délibérante de votre collectivité qui décide des conditions de maintien des indemnités pendant les congés. Consultez les délibérations locales pour savoir si le maintien est prévu dans votre cas.
  • Consultez votre régime indemnitaire : Certaines primes peuvent être modulées ou non maintenues en fonction des règles spécifiques de votre collectivité ou établissement.

Conclusion : un droit au maintien des indemnités sous conditions

L’arrêt du Conseil d’État du 4 juillet 2024 offre une clarification importante pour les fonctionnaires territoriaux. Désormais, le maintien des indemnités en cas de congé de maladie ordinaire est possible, à condition que cela soit prévu par la collectivité. Ce changement de jurisprudence est une bonne nouvelle pour de nombreux agents, qui peuvent espérer ne pas voir leur régime indemnitaire impacté en cas d’arrêt de travail.

Si vous avez des questions spécifiques concernant vos droits, n’hésitez pas à contacter votre syndicat local FA-FPT, qui pourra vous accompagner dans vos démarches.

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